Súkromné gymnázium Mercury začalo svoju činnosť 1. septembra 1992. Dve osemročné a jedna štvorročná trieda začali školský rok v prechodne prenajatých priestoroch učilišťa v Záhorskej Bystrici. Po niekoľkých týždňoch riadneho vyučovania sa gymnázium presťahovalo do budovy ZŠ Mudroňova, v ktorej študenti dokončili prvý rok existencie školy. V roku 1993 prišlo k ďalšiemu sťahovaniu. Jednoposchodová, zrekonštruovaná budova bývalej ovsišskej školy na Dolnozemskej ulici sa stala prvým skutočne merkuráckym domovom. V tomto školskom roku začala tradícia jazykových pobytov a vianočných besiedok. Realizoval sa taktiež prvý reprezentačný ples. V školskom roku  1994/1995 sa naplno rozbehla medzinárodná spolupráca. Okrem študijného pobytu v Anglicku študenti absolvovali prvý výmenný pobyt v Taliansku na spriatelenej cirkevnej škole. Nasledujúci školský rok (1995/1996) je dôležitým medzníkom v histórii školy. Súkromné gymnázium Mercury opustili prví úspešní maturanti. Spolu s maturitným vysvedčením získali po prvý krát Oxfordský jazykový certifikát ako aj vysvedčenie o štátnej skúške z nemeckého jazyka.

V rovnakom roku sa škola dočasne rozdelila. Triedy nižšieho gymnázia sa presunuli do novej budovy na Zadunajskej ulici, staršie ročníky ostali na Dolnozemskej. V roku 1996 sa podarilo budovu na Zadunajskej zrekonštruovať a od januára 1997 je trvalým sídlom Súkromného gymnázia Mercury. Škola tak v piatom roku svojej existencie získala zázemie potrebné na ďalšie aktivity a rozvoj. V školskom roku 1997/1998 sa na škole realizovalo hneď niekoľko významným projektov. Po prvý raz začala na škole pôsobiť študentská firma aplikovanej ekonómie podľa projektu Baťa Junior Achievements. Došlo k organizácii projektu Maľovaná fyzika, no najmä k celoslovenskej akcii s názvom Žiacka vedecká konferencia. Študenti z viac ako štyridsiatich gymnázií v spolupráci s odborníkmi z Prírodovedeckej fakulty UK o vybranom jave nielen písali, ale pred porotou obhajovali svoje poznatky a vedomosti.

Novinkou, ktorú priniesol školský rok 1997/1998 bol ekonomický týždeň v Chtelnici určený pre starších študentov. V nasledujúcom roku opustili brány školy poslední štvorroční študenti, gymnázium sa tak stalo len osemročným. V júli 1999 škola uzatvorila spoluprácu so súkromnou strednou školou Keimei Gakuen z Tokia. Na základe tejto dohody v septembri 1999 skupina študentov strávila dva týždne v hlavnom meste Japonska. V marci 2000 gymnázium Mercury zorganizovalo 1.medzinárodný študentský festival priateľstva „Global friendship“. Hosťami festivalu boli zástupcovia škôl z Japonska, Chorvátska, Českej republiky, Poľska, USA, ako niekoľkých slovenských gymnázií.

V školskom roku 2000/2001 gymnázium nadviazalo spoluprácu s ZfA (Nemecko) a získalo právo hodnotiť nemecký jazykový certifikát DSD (Deutches Sprachdiplom). Študenti tak po prvý krát mohli získať tento celosvetovo uznávaný certifikát. Škola taktiež získala členstvo vo svetovej asociácií súkromných a cirkevných škôl. Po prvý krát sa uskutočnili vzájomné výmenné kultúrno-poznávacie a vzdelávacie pobyty so študentmi z partnerskej školy Cuam z Acapulca v Mexiku. Taktiež došlo k nadviazaniu spolupráce s rakúskou školu Institut Neuland Schule z Viedne.

V školskom roku 2001/2002 oslávilo Súkromné gymnázium Mercury desiate výročie založenia. Pri tejto príležitosti sa uskutočnilo stretnutie študentov z Japonska, Mexika, Rakúska, Českej republiky, Chorvátska, Talianska, Maďarska, Francúzska, Nemecka, Anglicka a iných krajín. Akcia dostala názov: „Poďme v priateľstve spojiť svet“. Tradičné písanie esejí z anglického a nemeckého jazyka sa po prvý krát uskutočnilo v školskom roku 2002/2003. V tomto roku gymnázium zavŕšilo spoluprácu na medzinárodnom projekte Európskej Únie Socrates. Výsledným produktom spolupráce na projekte bola sada 3 vzdelávacích hier v anglickom jazyku, ktoré zábavnou formou približili mladým ľuďom zaujímavosti o jednotlivých krajinách. Naša slovenská verzia hry mala veľký úspech aj vďaka originálnym hlineným maľovaným figúrkam čičmianskych domčekov, ktoré vytvorili študenti na hodinách Ev. Školu tento rok navštívil riaditeľ sekcie pre vzdelávanie organizácie UNESCO pán Orlando Hall-Rosse.

V roku 2003 začala prestavba telocvične a priľahlých priestorov. Rekonštrukciou prešla i kuchyňa a jedálenská časť. V máji 2004 študenti zorganizovaním tzv. Euro Festu oslávili vstup Slovenskej republiky do Európskej únie. V školskom roku 2004/2005 sa študenti po prvý krát zúčastnili nového typu maturitných skúšok. Pokračovala spolupráca s partnerskou školou z Japonska, pričom niektorí študenti reprezentovali Slovensko na medzinárodnom kultúrnom festivale v Tokiu. Došlo i k návšteve európskych inštitúcií v Štrasburgu. Oslava Dňa matiek a zároveň pripomienka minulosti s  názvom „Tie roky šesťdesiate“ spríjemnila jún roku 2006. V septembri 2007 sa rozbehlo pilotné vyučovanie ekonomických predmetov v anglickom jazyku. Taktiež vznikol študentský internetový časopis Mercury News. No najdôležitejšou udalosťou roka bola však oslava pätnásteho výročia vzniku školy s názvom „Ľudia ľudom srdcia otvárajú“. Súčasťou akcie bolo zdobenie školských priestorov, tried v ľudovom štýle. Naše deti mali možnosť zaspievať si so známym detským domovom Sloníčatá a v závere sme si na školskom dvore vypočuli koncert známeho víťaza Superstar Petra Cmoríka. Obnovila sa tradícia poznávacích výletov. Jednotlivé ročníky navštívili metropoly, ako napr. Viedeň, Budapešť či Prahu.

V septembri 2007 naše gymnázium navštívil Israel Hernandez – štátny tajomník z Ministerstva obchodu USA. O mesiac neskôr škola privítala študentov z Juhoafrickej republiky. V decembri 2007 začala tradícia charitatívnych akcií zameraných na pomoc sociálne slabším. Tzv. „Mikulášska kapustnica“ naplnila očakávania. V rovnakom mesiaci po prvý raz zorganizovala predmetová komisia nemeckého jazyka návštevu vianočných trhov vo Viedni.

Pri príležitosti zavedenia novej meny Euro na Slovensku sa v novembri 2008 na gymnáziu uskutočnila akcia s názvom „Merkuráci a Euro“. V rámci tohoto projektu navštívil našu školu viceguvernér NBS pán Martin Barto, ako aj starosta mestskej časti Petržalka Milan Ftáčnik. V máji 2009 ešte naši prírodovedci zorganizovali týždeň zdravej výživy, no ústredným projektom tohto školského roka bol tzv. „Svetový veľtrh“. Pozvanie naň prijal aj prezident Slovenskej republiky Ivan Gašparovič. Spolu s ním školu navštívili ambasádori Talianska, Veľkej Británie, Japonska a Portugalska.

V roku dvadsiateho výročia Nežnej revolúcie sa 17. novembra uskutočnil „Deň Slobody“. Škola sa na jeden deň premenila na múzeum, hlavným cieľom bolo priblížiť život pred novembrom 1989. Súčasťou akcie boli prednášky hneď niekoľkých osobností spoločenského a kultúrneho života. V marci 2010 navštívil naše gymnázium veľvyslanec Nemecka pán Axel Hartmann. V tomto školskom roku sa podarilo na škole obnoviť tradíciu štúdijných jazykových pobytov v zahraničí. Študenti nižších ročníkov v júni navštívili kúpeľné mestečko Bournemouth v Južnom Anglicku.

Školský rok 2010/2011 bol pre gymnázium Mercury prelomový. V rámci rozširovania portfólia boli otvorené nové študijné odbory – bilingválne štúdium a gymnázium šport s dôrazom na golf. Študenti golfových tried dostali po prvý raz možnosť absolvovať rozhodcovské skúšky, v máji si v golfovom areáli Black Storck vo Veľkej Lomnici zahrali prvý golfový Mercury Cup. Okrem toho sa v novembri uskutočnil prvý ročník „Dňa solidarity“, akcie zameranej na podporu ekonomicky slabším. Úvod školského roka 2011/2012 sa niesol v duchu slávnostného udeľovania nemeckých jazykových certifikátov z rúk nemeckého veľvyslanca pána Hartmanna. V októbri sme odštartovali sériu poznávacích zájazdov po Európe a navštívili Mníchov a Paríž. Súkromné gymnázium sa taktiež stalo hostiteľom prestížnej francúzsko – nemeckej konferencie. Dominantnou udalosťou roka bola však júnová oslava 20.výročia otvorenia školy. Študenti si, okrem iného na slávnosť naštudovali časti divadelnej hry Rómeo a Júlia v anglickom jazyku.  Ako narodeninový dar gymnázium dostalo nový oficiálny erb, zaradený do Heraldického registra Slovenskej republiky.

V roku 2012 škola zažila asi najväčšiu zmenu vo svojej existencií.  V septembri po prvý krát zasadli do svojich lavíc žiaci Súkromnej základnej školy. Pribudla i materská škola. Gymnazisti pokračovali vo svojich cestovateľských aktivitách a navštívili výskumné stredisko CERN vo švajčiarskej Ženeve. Na prelome rokov si škola dala oneskorený dar k okrúhlemu jubileu a inštalovala veľkoplošnú elektronickú obrazovku slúžiacu na reklamné účely. Pokračoval projekt Eko rok, tento krát s témou strom. Školský rok 2013/2014 odštartoval už tradičným jesenným poznávacím výletom. Naše kroky smerovali do krajín Beneluxu. Súkromné gymnázium Mercury tento rok obdržalo prestížnu cenu týždenníka Trend. Školu navštívil poslanec európskeho parlamentu a ex-minister pán Sergej Kozlík. Ekorok 2014 zamerali svoju pozornosť na problematiku odpadu. Naši golfisti úspešne reprezentovali na Majstrovstvách stredných škôl v golfe.

Na začiatku školského roku 2014/2015 sme navštívili talianske mestá Florenciu, Sienu a hlavné mesto Rím. Obnovila sa medzinárodná kooperácia, gymnázium nadviazalo spoluprácu s blízkou Neue Mittelschulle Kitsee. Veľký úspech dosiahol náš študent Tadeáš Paule, ktorý sa stal celoslovenským víťazom olympiády v anglickom jazyku v kategórií 2A. Vrcholom roka boli majstrovstvá Slovenska v triatlone na Slnečných jazerách v Senci, ktoré sme z veľkej časti organizovali. V júni naši mladší študenti v rámci poznávacieho výletu navštívili to najkrajšie z Anglicka.

Školský rok 2015/2016 začal už tradičným poznávacím zájazdom. Tento krát naše kroky smerovali do Milána, kde sme navštívili svetovú výstavu Expo. Veľkú radosť nám urobili študentky Katarína Sujová a Alexandra Mýtniková, keď sa stali slovenskými víťazkami Stredoškolskej odbornej činnosti v kategórií zdravotníctvo. Najdôležitejšou akciou roka bol júnový Pressburg Triatlon 2016 na petržalskom Dráždiaku. Naša škola bola hlavným organizátorom a sponzorom tejto vydarenej športovo-edukačnej akcie.